La mayor parte del suelo del Aviario está destinada a jardines botánicos que imitan los diferentes ecosistemas del estado de Puebla: bosque de pino, huerta, selva tropical, cascada, y desierto. Estos jardines proporcionan a las aves una ambientación casi natural, en donde pueden encontrar las plantas que les brindan refugio, alimento y anidación. Gran parte de la reproducción actual de especies silvestres se debe a la vegetación existente.

Otra razón de ser de estos jardines es la educación ambiental. Con el arribo de escuelas nos hemos visto obligados a aprender sobre la mejor manera de comunicar a los niños la importancia de conservar no sólo la fauna, sino los ecosistemas mexicanos que aún nos quedan. Existe una vereda que recorre a todos los jardines por su interior, en donde es posible observar, además de un sinnúmero de plantas, a las aves ocultas entre el follaje, lo cual nos hace comprender mejor la íntima relación entre plantas y animales.

La mayoría de las aves con las que se está trabajando son principalmente de los órdenes passeriformes (aves canoras), psittaciformes (loros y pericos), columbiformes (palomas silvestres), galliformes (codornices, faisanes y hocofaisantes), siendo nuestro objetivo principal la reproducción de las aves silvestres mexicanas, seguido de la educación ambiental y la investigación científico-técnica para la reproducción de aves en cautiverio y en criaderos.